La Facultad de Ciencias actualmente desarrolla diversas líneas de investigación por cada área, incluyendo las siguientes:

Química: Contaminación y Control Ambiental, y Gestión Ambiental de Proyectos.

Biología: Biología vegetal; Bioquímica; Ecofisiología Animal y Vegetal; Ecología Animal y Vegetal; Entomología Ecológica; Genética Vegetal; Herbario ULS (Flora del Norte de Chile, Línea de base de Recursos Vegetales, Biodiversidad vegetal y Ecofisiología del Bosque de Fray Jorge, y Estado de conservación de la Flora de la Región de Coquimbo FNDR); Microbiologia de Suelo y Metodologia en ciencias.

Física: Física de Partículas; Cosmología y Gravitación; Materia Condensada; Sistemas Complejos; Física Espacial; Enseñanza aprendizaje; Gravitación; Plasmas Magnetosférico e Ionosférico; y Geomática.

Astronomía: Estructura y Evolución Estelar; Medio Interestelar; Estrellas Masivas; Estructura Galáctica; Astronomía Extragaláctica; Cosmología Observacional; Astrofísica Numérica y Simulaciones; y Galaxias Anilladas.

Matématicas: Investigación en Matemáticas Pura y Aplicada; Innovaciones Metodológicas en la Enseñanza de Matemáticas; y TIC. Agronomía: Desarrollo Agroalimentario Sostenible, con énfasis en Zonas Áridas; Economía y Agronegocios; Producción y transformación de Productos Agrícolas; y Recursos Naturales y Desarrollo Rural.

Área de la Salud: Salud Pública; Educación en Odontología; Investigación Clínica; y Biomateriales.